依托研究所建有國家家禽工程技術研究中心（上海）、國家防治動物血吸蟲病專業實驗室、農業部動物寄生蟲學重點開放實驗室和中國農業科學院獸藥安全評價與獸藥殘留研究重點開放實驗室，是中國農業科學院與上海市人民政府合作共建的上海國家動物醫學研究中心的依托單位，是中國畜牧獸醫學會獸醫公共衛生學分會、農業部血防專家咨詢委員會的掛靠單位。1981年研究所被國務院學位委員會批準為首批碩士學位培養點，1984年被批準為博士學位培養點，1999年建立博士后流動站，為國家培養高級農業科技專業人才。2013年10月正式加入中國農業科學院科技創新工程，經過兩年建設目前共設立有動物血吸蟲病研究、動物原蟲病研究、豬病毒性繁殖障礙綜合癥研究、豬呼吸道傳染病研究、水禽病毒性疾病研究、獸用抗感染藥物研究、畜禽細菌性傳染病研究、動物流感病原生態學研究、食源性病原生物學與食品安全研究、小型動物疫病研究十個研究方向。
研究所的主要研究領域是動物傳染病、動物寄生蟲病和獸用藥物。目標是針對嚴重危害畜牧業生產的畜禽疫病和人畜共患病，開展前瞻性、關鍵性的預防控制技術及其基礎理論研究。主要方向任務是：以危害嚴重的豬、禽傳染病、動物寄生蟲病、人畜共患病和獸用藥物等為研究對象，開展病原生物學、分子流行病學、病原感染致病與免疫機制、診斷及防控技術等基礎與應用基礎研究；研制開發安全高效的新型動物疫苗、治療藥物和新制劑、快速簡便的疫病診斷技術及制劑，為畜牧業健康發展和人類健康提供科技支撐。
建所以來獲各項科研成果獎勵61項，其中國家級2項；獲得國家發明專利66項；獲得國家新獸藥證書10項；出版專著53部，發表論文1900余篇。“農業血防綜合治理新技術”榮獲寄生蟲領域第一個國家科技進步獎；研制成功的抗錐蟲新藥“鹽酸錐雙凈”獲國家一類新獸藥證書；抗球蟲新藥“地克珠利”原料藥及預混劑共獲得3項國家二類新獸藥證書，并榮獲國家科技進步三等獎；“球蟲病免疫預防苗（DLV疫苗）”為國內第一個獲新獸藥證書的球蟲病免疫預防疫苗。
研究所連續四屆被衛生部、農業部、水利部授予全國血防先進集體稱號，是歷屆上海市文明單位和中國農業科學院文明單位。研究所將繼續追蹤國際動物醫學發展前沿，加強科技創新，不斷增強綜合實力，加快建成國內一流、國際知名的現代農業科研院所，為推動我國動物醫學科技進步作出新的更大貢獻。
